二世帯住宅の税金の基本は税制上で単独登記か区分登記かによって変わってきます。

１戸とみなされるか、２戸の独立した家とみなされるかによって変わってくるということです。

２戸とみなされることで不動産取得税や固定資産税などで税金面でメリットがある場合があります。

それは、住宅に関わる税金の軽減措置の条件には床面積が関係し、大規模な１つの家より、小規模な2つの家のほうが有利だからです。

登記には、単独登記、共有登記、区分登記の３種類があります。

名義とは、法律上の持ち主という意味で、だれの名前で登記するかによって決まります。原則として、だれがどれだけ資金を出したかという比率に応じて持ち分が決まります。

また、単独登記・共有登記は建物は構造上区分されてなくても大丈夫ですが、区分登記にする場合は、構造上・機能上独立して２戸の住宅と認められなければなりません。

□単独登記

２世帯住宅を「１戸の住宅」として親または子のどちらかの単独所有として登記する方法で、いずれかの持ち物とされるため、税額は全体の面積から法律を適用して判断されます。
先祖代々の土地では生前贈与などをしていない限り、親世帯の持ち物であることが多いため、土地は親、建物は子、というパターンにされることが多いようです。

□共有登記
　２世帯住宅を「１戸の住宅」として親と子の共有による持ち物とする方法で、それぞれが実際に負担した費用の割合に応じて登記すれば、贈与の問題は発生しません。
ただ、この場合は、「１戸の住宅」での登記であるため、税額は、全体の面積から法律を適用して判断されます。

□区分登記
　「２戸の住宅」として登記する方法です。完全分離の2戸建住宅（長屋や共同住宅）であれば、必然的にそのように判断されますが、内部で行き来できるようにしたい、プラン上で何らかの関係をもたせたい、といった場合、行き来できる場所に防火扉を設け、鍵がかけられるようにしたり、戸境を法が定める仕様にしたり、といった建物の仕様・プランの制約がでてきます。玄関ももちろん別にしなければいけません。土地は区分して所有権を設定し、建物はそれぞれの面積に応じて区分されるため、税金の適用面積はおのおの小さくなります。

税金面からいえば、土地・建物ともに、区分登記できるような建て方の方がメリットが大きいといえます。が、2戸にすることで、建築費が高くなるということと、介護などが必要な場合の行き来などへの配慮もしておいたほうがいいでしょう。

□不動産取得税の場合
　床面積が50㎡以上240㎡以下では、税率３％をかける前に、住宅の価格から1200万円を差し引くことができます。税額は、「住宅価格－1200万円」×税率３％となります。

□固定資産税の場合
　土地部分が住宅１戸あたり200㎡までの部分は、課税標準額（その金額に税率をかけたもの）が６分の１に軽減されますが、200㎡を超えてしまうと、軽減される割合は３分の１になります。

□都市計画税（各自治体が定めるもの）
　軽減される割合は自治体によって異なりますが、同様の制度があります。

□新築住宅の建物部分の固定資産税
　床面積が120㎡までは、３年間（３階建て以上の耐火・準耐火建築物は５年間）、２分の１になる軽減措置があります

他に印紙税・登録免許税・贈与税・不動産の譲渡所得税が建築時にかかります。

固定資産税・都市計画税は継続してかかる税金です。住宅ローンを借りると所得税が安くなる所得税額控除等も関係してきます。

また、二世帯住宅の場合相続対策も考慮しておく必要もあります。

あと、長期優良住宅に該当する構造の場合は、一般の住宅に比べて固定資産税の軽減措置の期間が長いなどさまざまな優遇措置があります。

二世帯住宅の融資についても登記の種類で変わってきます。

融資を受けるのが1口か2口かによって、考え方が大きく変わります。二世帯で別々の家として別々に返済する、というのが2口、一体の家として持分を設定して１つの家として返済する、というのが1口です。 2口の場合は区分登記を前提として、二戸の家として計画しなければなりません。

親子リレー返済等を利用する場合は 1戸の二世帯住宅とみなされる条件が必要などといったことがありますので、資金計画はプランの入る前にしっかり検討しておきましょう。

ローンについてはこちらにもう少し詳しくまとめています。